Dada la situación actual en el Reino Unido con la situación del "Brexit", será la Base Naval de Rota quién asumirá formalmente el día 29 de marzo de 2019 el mando de la Operación Atalanta de la UE, contra la piratería en el Índico. La sede actual se encontraba en Northwood (Reino Unido).

El recinto militar roteño ya ha sido certificada como cuartel general operacional (OHQ) de la UE y contará con la nueva incorporación de 89 militares de 19 nacionalidades al mando de un vicealmirante español. Este grupo estará compuesto por 39 españoles, 7 franceses, 6 alemanes, 4 italianos, 4 serbios, 4 polacos, 4 holandeses, 3 suecos, 3 checos y 2 portugueses, entre otros 9 países.

La Base Naval ha realizado una inversión de 2 millones de euros dentro de sus instalaciones, siendo actualmente el quinto cuartel operacional de la UE, después de París (Francia), Potsdam (Alemania), Larissa (Grecia) y Roma (Italia).